Debido a las características físico-topograficas de la zona y a su extensión, esta presenta importantes variaciones climáticas, influenciadas principalmente por el relieve, el mar y los vientos. Lo que permite caracterizar tres zonas climáticas; Zona Canales Interiores, Zona Pre-andina, Zona de Pampa o Estepa.

En la Zona Pre-andina y de transición entre el borde costero y la Pampa se encuentra Pto. Natales. La temperatura mínima media en los meses de verano es de 5ºC. y la máxima media es de 17°C (pudiendo haber días en que la temperatura traspasa los 20ºC ). Durante el invierno la temperatura mínima media es de -3ºC. ( mínimas extremas de -12ºC.) Con una temperatura máxima media de 06°C.

Los vientos son una característica de la época estival, durante la primavera y verano, con velocidades medias de 35 Km/hr. Y en ocasiones alcanzando la velocidad de 100 Km./hr. Sin embargo en la época invernal los vientos se amainan y solo se presentan asociados a frentes de mal tiempo.

En cuanto a la Pluviometria del Area esta también varia por zona,variando desde el área Canales Interiores de 3000 ml/año a 300 ml/año en la zona de Pampa o Estepa. Sin embargo la zona Pre-andina y Borde costero, próxima a Natales, cuenta con una media de lluvias de 900 ml/año.

Con relación al invierno cabe destacar que esta Región Austral, muy por el contrario a la creencia que muchos poseen, no presenta inviernos rigurosos y con gran cantidad de precipitación del tipo nieve o lluvia, lo que permite realizar todo tipo de actividades dentro de la ciudad y en las áreas Turísticas, Pesqueras y Agropecuarias.